地方储备粮由省、市、县（区）三级组成，相应地，储备资金也是由省、市、县（区）三级构成。地方储备粮资金是地方各级政府保障地方储备粮、确保粮食安全的专项资金。主要来自于三个方面：一是农发行信贷资金，该资金属于信用贷款，地方粮食储备企业拥有资金使用权，企业要付农发行资金使用成本即利息。二是财政补贴资金，在粮食风险基金中列支。三是承储企业在储备轮换中的盈利，计入储备粮专项资金。加强地方储备粮资金收入管理、支出管理和绩效管理，对储备粮高效顺畅运行具有重要意义。
一 、 收入 管理 及存在问题分析
收入主要是指财政补贴收入。信贷资金虽然是贷款不能作为收入，但也是资金管理的重要内容。同时，轮换盈利在储备粮轮换中较少发生，在收入分析中忽略不计。
（ 一 ） 补贴资金管理体制及补贴政策
1. 管理体制。 按储备粮权属对象，地方储备粮食分为省级储备粮食和市、县（区）级储备粮食，粮权分别属省、市、县（区）政府。因此，地方储备粮食政策性补贴资金相应分为：省级储备粮食政策性补贴资金和市、县（区）级储备粮食政策性补贴资金。地方储备粮食政策性补贴资金一般实行 “三级财政、分级管理”的财政管理体制，即省级储备粮食政策性补贴资金由省级财政承担，市、县（区）级储备粮食政策性补贴资金由市、县（区）级财政承担。[1]
2. 补贴政策。 ① 省级储备粮食政策性补贴资金政策及拨付程序。从各地规定来看，省级储备粮食的补贴标准以及轮换机制的实施办法明确：省级储备粮食的保管费用和贷款利息由省级财政在粮食风险基金中列支。省级储备粮食的有关费用及利息补贴由财政部门拨给储备企业，再由其拨付到承储库点。 ② 市 、县（区）级储备粮食政策性补贴资金政策及拨付程序。各市、县（区）级储备粮补贴政策及拨付程序由市、县（区）政府批准制定，总的来说，市、县（区）级储备粮食的保管费用和贷款利息主要来自于粮食风险基金。
（ 二 ） 储备粮资金与粮食风险资金的关系
从上述分析中可以看出，粮食储备资金收入主要来自于地方财政中的粮食风险基金。根据财政部、国家计委、粮食局、中国农业发展银行关于《粮食风险基金监督管理暂行办法》规定，粮食风险基金是指中央和地方政府用于平抑粮食市场价格，维护粮食正常流通秩序，实施经济调控的专项资金，最终实现粮食安全和粮食市场稳定两大目标。一般来说，粮食风险基金主要用于四个方面：种粮农民直补，政府储备粮油、专项储备粮食的利息、费用支出，政策性挂账产生的息费，以及粮食产业发展等。
200 9 年 中央一号文件明确提出“逐步取消主产区粮食风险基金配套”后，中央财政就加大了对粮食风险基金尤其是主产区粮食风险基金财政支持力度。如图1，2017年中央财政对各省粮食风险基金的分配情况，其中：辽宁、吉林、黑龙江、安徽、山东、河南、湖北、四川等粮食主产省支持金额在10亿元以上，特别是黑龙江达到了22亿元。虽然没有明确提出对粮食储备资金专门支持，但做大了风险基金，由于储备资金在风险基金中列支，在一定程度上也加大了对储备资金的支持力度。 
（ 三 ） 存在问题分析
1. 地方财政补贴的不确定性影响企业正常经营。近年来，在粮食安全行政首长责任制考核情况下，各级地方政府层层分解责任、落实地方储备规模。按照“谁储备、谁补贴、谁承担风险”的原则,粮权属于地方政府,地方财政补贴负责储备所有息费。但是，在实际执行中，大多数地方政府尤其是市、县（区）政府采取储备粮利息费用等在粮食风险基金中包干使用，或者按标准补贴等政策。实质上将政府对储备粮的无限责任变为有限责任，将一部分风险转嫁给承储企业。造成财政补贴并不会随着地方储备规模增加和管理成本刚性增长而加大预算力度，或者地方政府存在认账不出钱、补贴资金不能到位。地方财政补贴的不确定性，影响了储备企业正常运转乃至加剧企业亏损，给保障粮食安全埋下隐患。以陕西省为例，全省部分地方利费补贴不能按时拨补到位。全省共有 34 个县区欠拨 1491 万元，其中，商洛、宝鸡、汉中市分别欠补 397、380、241 万元，占未拨补到位数的 68％，影响了企业资金周转和正常经营。
2. 资金管理不规范存在风险敞口。在各地增储计划中，部分地方政府在不具备财力的情况下出具“资金承诺”或“补贴承诺”，争取银行和企业投入。由于地方财力等原因，加之承诺不具有硬性的约束力，导致地方财政补贴行为的软约束，使银行和企业都面临政府的信用风险，造成了资金风险敞口。同时，在资金管理中，部分企业未按管理资金管理规定造成资金体外循环，或者封闭运行管理规定执行不到位造成资金流失，或者利用财政资金、信贷资金、企业自有资金“多轨制”运行的监管盲区，给资金管理造成了风险敞口。